Ein kompakter Rahmen für Tool-Orchestrierung: Von Dokumentation zu Pipelines

In diesem Tutorial wird ein schlanker, effizienter Rahmen vorgestellt, der zeigt, wie man aus der Dokumentation von Software-Tools standardisierte, aufrufbare Schnittstellen erzeugt, diese Tools zentral registriert und anschließend in einer automatisierten Pipeline ausführt. Dabei bauen wir zunächst einen einfachen Konverter, entwickeln anschließend Mock-Tools für Bioinformatik und organisieren sie in einem zentralen System. Das Ergebnis ist ein wiederverwendbares Orchestrierungs-Framework, das die gesamte Prozesskette von der Dokumentation bis zur Ausführung automatisierter Workflows nahtlos verbindet.